En 1959, 14 RB-47E se convirtieron en drones de blancos radiocontrolados QB-47E para su uso como blancos aéreos a gran escala en la evaluación de sistemas de armas avanzados. Estos drones eran lanzados por operadores y luego transferidos a una aeronave directora, como un T-33, para guiarlos hasta la zona objetivo. En una trágica ocasión, el 19 de agosto de 1963, un QB-47E se desvió de su ruta durante su aproximación para el aterrizaje en la Base Aérea de Eglin y se estrelló en una vía pública adyacente a la pista, impactando dos automóviles y causando la muerte de dos civiles, sumándose así a las 464 muertes causadas por accidentes de B-47.